Bymuseet er beliggende i Holkegade, der fremstår som et sjældent helstøbt gadeforløb, hvor alle bygninger blev opført efter bybrande i starten af 1700-tallet. Den fine købmandsgård, Den gamle Gaard, fra 1720 åbnede i 1932 som museum efter at være blevet restaureret. Den store sal med rokokopaneler i hovedhuset og de tilstødende stuer og køkkenet giver en sjælden mulighed for at se, hvordan rammerne var for en overklassefamilie i en provinsby.

Udstillingerne i salen har i 2008 gennemgået en renovering og nyopsætning. Blandet andet er portrættet af det forsvunde maleri af Mette Marie Storm nu del af udstillingen tillige med andre portrætter og genstande fra Faaborgs storhedstid i 1700-tallet.

Baghus med bl.a. et kammer til øboerne, Lyøstuen, er også bevaret tillige med gårdens have, der ender ved havnen, hvor et fint lysthus fra omkring år 1800 er bevaret. I nabokøbmandsgården, der er på alder med Den gamle Gaard, er museumsbutik og en udstilling af glas fra Fyns Glasværk.

Se åbningstider her.

Faaborg Arrest var i funktion fra 1929 til 1989 og danner sidste fløj i byens gamle rådhus fra 1840 midt på torvet. Der er celler i 3 etager. Nogle af dem er møblerede, så man får et indtryk af vilkårene for arrestanter op gennem det 20. århundrede. I kælderen er vist straffeformer fra middelalder og tiden før år 1800, hvor en mere human indstilling til fanger begyndte at vinde indpas. Se åbningstider her.

Kaleko Mølle er fra starten af 1600-tallet og dermed en af Danmarks ældste, endnu fungerende vandmøller. Mølleriet med de to skovlhjul kan endnu startes. Møllen hørte tidligere under Holstenshus gods tæt ved. I 1918 åbnede den som museum. Der er adgang til mølleriet og møllerboligen. I en stald er indrettet en primitiv café. Møllen blev i 1980’erne Danmarkskendt, da den var kulisse til julekalenderen Nissebanden. Møllen ligger lidt uden for Faaborg og kan bl.a. nås via en smuk tur langs sundet, en sø bag byen. Stien rundt om søen er netop kåret som Danmarks bedste motionsrute. Se åbningstider her.

Klokketårnet i Faaborg, der er resterne efter byens middelalderlige Skt. Nikolaj kirke, er åben som udstilling. Ud over en smuk udsigt i tårnets top er der mulighed for at se eksempler på tidligere tiders gravskikke og byens kirkelige historie. Se åbningstider her.